df <- read.csv("compost.csv")
dfHướng dẫn vẽ đồ thị ANOVA hai yếu tố
Để phóng lớn hình ảnh, bạn right-click vào hình chọn Open image in new tab.
Bước 1: Dataset df là kết quả thí nghiệm tương tác giữa tổ hợp hai yếu tố là phân bón và chế độ tưới nước đến sinh khối cây trồng.
fertilizer water biomass
1 Compost A High 14
2 Compost A High 41
3 Compost A High 49
4 Compost A High 14
5 Compost A High 35
6 Compost A High 57
7 Compost A Medium 20
8 Compost A Medium 15
9 Compost A Medium 38
10 Compost A Medium 38
11 Compost A Medium 52
12 Compost A Medium 58
13 Compost A Low 73
14 Compost A Low 57
15 Compost A Low 31
16 Compost A Low 23
17 Compost A Low 53
18 Compost A Low 21
19 Compost B High 47
20 Compost B High 71
21 Compost B High 21
22 Compost B High 66
23 Compost B High 29
24 Compost B High 32
25 Compost B Medium 26
26 Compost B Medium 43
27 Compost B Medium 71
28 Compost B Medium 71
29 Compost B Medium 23
30 Compost B Medium 59
31 Compost B Low 60
32 Compost B Low 47
33 Compost B Low 29
34 Compost B Low 27
35 Compost B Low 16
36 Compost B Low 45Bước 2: Ta chuyển các cột fertilizer và water về class factor, cũng như thực hiện một số bước thống kê mô tả dữ liệu.
df$fertilizer <- factor(df$fertilizer, levels = c("Compost A", "Compost B"))
df$water <- factor(df$water, levels = c("Low", "Medium", "High"))
table(df$fertilizer, df$water, useNA = "always") ### Tổ hợp nghiệm thức
Low Medium High <NA>
Compost A 6 6 6 0
Compost B 6 6 6 0
<NA> 0 0 0 0Bước 3: Tính trung bình và độ lệch chuẩn.
df |> dplyr::group_by(fertilizer, water) |>
dplyr::summarize(trung_binh = mean(biomass),
do_lech_chuan = sd(biomass)) -> df_ok
df_ok fertilizer water trung_binh do_lech_chuan
1 Compost A Low 43.0 21.1
2 Compost A Medium 36.8 17.0
3 Compost A High 35.0 17.9
4 Compost B Low 37.3 16.1
5 Compost B Medium 48.8 21.5
6 Compost B High 44.3 20.6Bước 4: Tách ra vector trung bình và độ lệch chuẩn để vẽ error bar.
df_ok$trung_binh -> trung_binh
names(trung_binh) <- paste0(df_ok$fertilizer, "_", df_ok$water)
round(trung_binh, digits = 1) Compost A_Low Compost A_Medium Compost A_High Compost B_Low Compost B_Medium Compost B_High
43.0 36.8 35.0 37.3 48.8 44.3 df_ok$do_lech_chuan -> do_lech_chuan
names(do_lech_chuan) <- paste0(df_ok$fertilizer, "_", df_ok$water)
round(do_lech_chuan, digits = 1) Compost A_Low Compost A_Medium Compost A_High Compost B_Low Compost B_Medium Compost B_High
21.1 17.0 17.9 16.1 21.5 20.6 Bước 5: Vẽ đồ thị line chart với error bar.
# windows(8, 8, "fixed")
png(filename = "fertilizer_vs_water.png", width = 8, height = 8, units = "in", res = 300)
par(pty = "s")
par(mar = c(5, 5, 5, 5))
### plot để lấy tọa độ
interaction.plot(x.factor = df$water,
trace.factor = df$fertilizer,
trace.label = "Phân bón",
response = df$biomass,
ann = FALSE,
axes = FALSE,
fun = mean,
type = "o",
legend = FALSE,
xlab = bquote(bold("Chế độ tưới nước")),
ylab = bquote(bold("Sinh khối (g)")),
ylim = c(0, 100),
yaxs = "i",
pch = c(15, 16),
col = c(adjustcolor( "red", alpha.f = 0),
adjustcolor( "blue", alpha.f = 0)),
las = 1,
cex = 2,
lwd = 2,
lty = c(1, 2),
font = 2)
grid(col = "lightgray")
par(lheight = 1.2)
title(main = "Kết quả thí nghiệm ảnh hưởng giữa các loại phân bón\nvà chế độ tưới nước đến sinh khối cây trồng")
par(lheight = 1.1)
legend(x = "top",
y = NULL,
legend = c("Compost A ", "Compost B"),
x.intersp = 1,
y.intersp = 1.1,
pch = c(15, 16),
col = c("red", "blue"),
lwd = 2,
lty = c(1, 2),
seg.len = 3,
pt.cex = 1.5,
inset = 0.02,
title.adj = c(0.5),
title = "Nghiệm thức phân bón\n(tính theo giá trị trung bình)",
bty = "n",
title.font = 2,
title.col = "darkgreen",
horiz = TRUE)
########################
#
# points(x = c(1, 1, 1, 1, 1, 1),
# y = subset(df, fertilizer == "Compost A" & water == "Low")$biomass,
# col = adjustcolor( "red", alpha.f = 1),
# pch = 0,
# cex = 1.1)
#
# points(x = c(1, 1, 1, 1, 1, 1),
# y = subset(df, fertilizer == "Compost B" & water == "Low")$biomass,
# col = adjustcolor( "blue", alpha.f = 1),
# pch = 1,
# cex = 1.1)
#
# ########################
#
# points(x = c(2, 2, 2, 2, 2, 2),
# y = subset(df, fertilizer == "Compost A" & water == "Medium")$biomass,
# col = adjustcolor( "red", alpha.f = 1),
# pch = 0,
# cex = 1.1)
#
# points(x = c(2, 2, 2, 2, 2, 2),
# y = subset(df, fertilizer == "Compost B" & water == "Medium")$biomass,
# col = adjustcolor( "blue", alpha.f = 1),
# pch = 1,
# cex = 1.1)
#
# ########################
#
# points(x = c(3, 3, 3, 3, 3, 3),
# y = subset(df, fertilizer == "Compost A" & water == "High")$biomass,
# col = adjustcolor( "red", alpha.f = 1),
# pch = 0,
# cex = 1.1)
#
# points(x = c(3, 3, 3, 3, 3, 3),
# y = subset(df, fertilizer == "Compost B" & water == "High")$biomass,
# col = adjustcolor( "blue", alpha.f = 1),
# pch = 1,
# cex = 1.1)
par(new = TRUE) ### vẽ đè lại plot để chuẩn đồ thị
interaction.plot(x.factor = df$water,
trace.factor = df$fertilizer,
trace.label = "Phân bón",
response = df$biomass,
fun = mean,
type = "o",
legend = FALSE,
xlab = bquote(bold("Chế độ tưới nước")),
ylab = bquote(bold("Sinh khối (g)")),
ylim = c(0, 100),
yaxs = "i",
pch = c(15, 16),
col = c(adjustcolor( "red", alpha.f = 0.7),
adjustcolor( "blue", alpha.f = 0.7)),
las = 1,
cex = 2,
lwd = 2,
lty = c(1, 2),
font = 2)
### độ lệch chuẩn cho compost A
arrows(x0 = c(1, 2, 3),
y0 = trung_binh[1:3] + do_lech_chuan[1:3],
x1 = c(1, 2, 3),
y1 = trung_binh[1:3] - do_lech_chuan[1:3],
angle = 90,
code = 3,
length = 0.035,
col = adjustcolor( "red", alpha.f = 0.5),
lwd = 1.5)
### độ lệch chuẩn cho compost B
arrows(x0 = c(1, 2, 3),
y0 = trung_binh[4:6] + do_lech_chuan[4:6],
x1 = c(1, 2, 3),
y1 = trung_binh[4:6] - do_lech_chuan[4:6],
angle = 90,
code = 3,
length = 0.035,
col = adjustcolor( "blue", alpha.f = 0.5),
lwd = 1.5)
dev.off()
Bước 6: Vẽ đồ thị line chart và điểm dữ liệu tương ứng từng nghiệm thức.
# windows(8, 8, "fixed")
png(filename = "fertilizer_vs_water_datapoint.png", width = 8, height = 8, units = "in", res = 300)
par(pty = "s")
par(mar = c(5, 5, 5, 5))
### plot để lấy tọa độ
interaction.plot(x.factor = df$water,
trace.factor = df$fertilizer,
trace.label = "Phân bón",
response = df$biomass,
ann = FALSE,
axes = FALSE,
fun = mean,
type = "o",
legend = FALSE,
xlab = bquote(bold("Chế độ tưới nước")),
ylab = bquote(bold("Sinh khối (g)")),
ylim = c(0, 100),
yaxs = "i",
pch = c(15, 16),
col = c(adjustcolor( "red", alpha.f = 0),
adjustcolor( "blue", alpha.f = 0)),
las = 1,
cex = 2,
lwd = 2,
lty = c(1, 2),
font = 2)
grid(col = "lightgray")
par(lheight = 1.2)
title(main = "Kết quả thí nghiệm ảnh hưởng giữa các loại phân bón\nvà chế độ tưới nước đến sinh khối cây trồng")
par(lheight = 1.1)
legend(x = "top",
y = NULL,
legend = c("Compost A ", "Compost B"),
x.intersp = 1,
y.intersp = 1.1,
pch = c(15, 16),
col = c("red", "blue"),
lwd = 2,
lty = c(1, 2),
seg.len = 3,
pt.cex = 1.5,
inset = 0.02,
title.adj = c(0.5),
title = "Nghiệm thức phân bón\n(tính theo giá trị trung bình)",
bty = "n",
title.font = 2,
title.col = "darkgreen",
horiz = TRUE)
########################
points(x = c(1, 1, 1, 1, 1, 1),
y = subset(df, fertilizer == "Compost A" & water == "Low")$biomass,
col = adjustcolor( "red", alpha.f = 1),
pch = 0,
cex = 1.1)
points(x = c(1, 1, 1, 1, 1, 1),
y = subset(df, fertilizer == "Compost B" & water == "Low")$biomass,
col = adjustcolor( "blue", alpha.f = 1),
pch = 1,
cex = 1.1)
########################
points(x = c(2, 2, 2, 2, 2, 2),
y = subset(df, fertilizer == "Compost A" & water == "Medium")$biomass,
col = adjustcolor( "red", alpha.f = 1),
pch = 0,
cex = 1.1)
points(x = c(2, 2, 2, 2, 2, 2),
y = subset(df, fertilizer == "Compost B" & water == "Medium")$biomass,
col = adjustcolor( "blue", alpha.f = 1),
pch = 1,
cex = 1.1)
########################
points(x = c(3, 3, 3, 3, 3, 3),
y = subset(df, fertilizer == "Compost A" & water == "High")$biomass,
col = adjustcolor( "red", alpha.f = 1),
pch = 0,
cex = 1.1)
points(x = c(3, 3, 3, 3, 3, 3),
y = subset(df, fertilizer == "Compost B" & water == "High")$biomass,
col = adjustcolor( "blue", alpha.f = 1),
pch = 1,
cex = 1.1)
par(new = TRUE) ### vẽ đè lại plot để chuẩn đồ thị
interaction.plot(x.factor = df$water,
trace.factor = df$fertilizer,
trace.label = "Phân bón",
response = df$biomass,
fun = mean,
type = "o",
legend = FALSE,
xlab = bquote(bold("Chế độ tưới nước")),
ylab = bquote(bold("Sinh khối (g)")),
ylim = c(0, 100),
yaxs = "i",
pch = c(15, 16),
col = c(adjustcolor( "red", alpha.f = 0.7),
adjustcolor( "blue", alpha.f = 0.7)),
las = 1,
cex = 2,
lwd = 2,
lty = c(1, 2),
font = 2)
# ### độ lệch chuẩn cho compost A
# arrows(x0 = c(1, 2, 3),
# y0 = trung_binh[1:3] + do_lech_chuan[1:3],
# x1 = c(1, 2, 3),
# y1 = trung_binh[1:3] - do_lech_chuan[1:3],
# angle = 90,
# code = 3,
# length = 0.035,
# col = adjustcolor( "red", alpha.f = 0.5),
# lwd = 1.5)
#
# ### độ lệch chuẩn cho compost B
# arrows(x0 = c(1, 2, 3),
# y0 = trung_binh[4:6] + do_lech_chuan[4:6],
# x1 = c(1, 2, 3),
# y1 = trung_binh[4:6] - do_lech_chuan[4:6],
# angle = 90,
# code = 3,
# length = 0.035,
# col = adjustcolor( "blue", alpha.f = 0.5),
# lwd = 1.5)
dev.off()
Bước 7: Phân tích ANOVA 2 yếu tố và phân hạng nghiệm thức được mình trình bày ở link này. Các bạn tham khảo tiếp nhé.
https://thongkesinhhoc.com/phan-tich-anova-2-yeu-to-trong-r
Tài liệu tham khảo
https://www.statology.org/interaction-plot-r/